Program gratis ini telah menuai kontroversial sejak diluncurkan pada bulan lalu. Vaksin itu mulai ditangguhkan selama tiga minggu setelah sekitar 5 juta dossi vaksin ditemukan telah terpapar suhu kamar saat diangkut ke fasilitas medis.
Para pejabat mengatakan sebanyak 8,3 juta orang telah diinokulasi sejak program dilanjutkan kembali pada 13 Oktober, dengan sekitar 350 kasus reaksi merugikan dilaporkan.

Di sisi lain, pemerintah juga menawarkan program vaksin berbayar yang digabungkan dengan program gratis. Itu bertujuan untuk memberi vaksin pada sekitar 30 juta penduduk. Di bawah program vaksin berbayar, pembeli dapat memiliki penyedia vaksin dari kelompok yang lebih besar.
Menurut kantor berita Yonhap, jumlah kematian tertinggi di Korea Selatan terkait dengan vaksinasi flu musiman adalah enam pada 2005. Para pejabat mengatakan, sulit untuk membuat perbandingan dengan tahun-tahun sebelumnya karena lebih banyak orang yang menggunakan vaksin tahun ini.