Perangkat lunak yang ditanami pemindai sidik jari akan memeriksa apakah sidik tersebut cocok dengan pengguna.
Untuk mengetahui apakah jari tersebut asli dan bukan bentuk 3D, sistem biasanya mencari sesuatu yang disebut minutiae, yaitu titik-titik sidik jari di mana sesuatu khas yang ada pada jari seseorang, seperti tempat di mana ridgeline berakhir.

Perangkat lunak pemindai dapat membuat semacam peta yang bisa direpresentasikan sebagai angka. Angka itu pada dasarnya adalah sidik jari yang disandikan.
Dilansir laman Make Tech Easier, umumnya aplikasi atau situs apapun yang menggunakan sidik jari tidak akan benar-benar menerima data sidik jari pengguna.
Aplikasi atau situs itu hanya akan mendapat konfirmasi dari perangkat bahwa sidik jari yang dipindai cocok dengan yang ada di penyimpanan.