Selain Jonatan, beberapa pebulu tangkis Indonesia lainnya juga absen dari Japan Open 2024.
Gregoria Mariska Tunjung terpaksa mundur karena terjangkit cacar air, sementara Anthony Sinisuka Ginting memilih untuk tidak mengikuti Korea Open 2024.
Ganda putri Indonesia juga kehilangan wakilnya setelah Apriyani Rahayu/Siti Fadia Silva Ramadhanti memutuskan untuk tidak berpartisipasi.
Meskipun demikian, absennya beberapa pebulu tangkis papan atas Indonesia tidak mengurangi antusiasme penggemar untuk menyaksikan pertandingan-pertandingan seru di Japan Open 2024.