Selain itu, ia juga menyelesaikan pendidikan non-formal di pendidikan statistik Universitas Indonesia, pendidikan peneliti LIPI, dan pendidikan kepemimpinan di Lembaga Administrasi Negara.
Kementerian HAM berada di bawah Kementerian Koordinator Bidang Hukum, HAM, Imigrasi, dan Pemasyarakatan.
Menteri HAM Natalius Pigai dibantu satu orang Wakil Menteri, yakni Mugiyanto Sipin yang juga dekat dengan dunia aktivisme HAM.