Selain itu, ia juga termasuk keturunan Sunan Gunung Jati, salah satu Wali Songo penyebar Islam di Tanah Jawa.
Perjalanan akademiknya juga mencerminkan kualitas keilmuannya. KH Said Aqil Siradj mengenyam pendidikan sarjana di Fakultas Ushuluddin Universitas King Abdul Aziz, Jeddah, serta di Institut Agama Islam Sunan Kalijaga, Yogyakarta.
Pendidikan magister dan doktoralnya ditempuh di Universitas Ummul Qura, Mekkah, dengan spesialisasi pada filsafat Islam dan perbandingan agama.
Penguasaannya terhadap ilmu keislaman diperoleh tak hanya dari universitas, tapi juga dari berbagai pondok pesantren ternama. Ia pernah nyantri di Ponpes Al Munawwir Yogyakarta, Ponpes Lirboyo Kediri, serta Ponpes KHAS Kempek Cirebon, yang kemudian ia asuh sendiri sebagai pimpinan.
Dalam kehidupan pribadinya, KH Said Aqil Siradj menikah dengan Hj. Nur Hayati Abdul Qodir. Dari pernikahan tersebut, mereka dikaruniai empat orang anak: Muhammad Said Aqil, Nisrin Said Aqil, Rihab Said Aqil, dan Aqil Said Aqil.