Selain perkara suap, Hasto juga didakwa melakukan upaya perintangan penyidikan. Dia disebut-sebut mengumpulkan sejumlah saksi yang berkaitan dengan Harun Masiku dan mengarahkan mereka agar tidak memberikan keterangan yang sebenarnya kepada penyidik.
Bahkan, dalam operasi tangkap tangan terhadap Harun Masiku, Hasto disebut memerintahkan seorang penjaga rumah bernama Nur Hasan untuk menghubungi Harun dan menyarankan agar merendam ponselnya dalam air serta segera melarikan diri.