Nugroho Sulistyo Budi lantas ditarik di Kementerian Pertahanan saat Prabowo Subianto menjadi menteri pada 2020-2024. Dia ditunjuk menjadi Staf Ahli Bidang Politik.
Pada 8 Oktober 2024, Nugroho diangkat menjadi Inspektur Utama Badan Intelijen Negara (BIN).