Karier Eko Aryanto semakin meningkat saat ia menjadi Wakil Ketua Pengadilan Negeri Sawah Lunto.
Lalu menjabat Wakil Ketua dan Ketua di Pengadilan Negeri Pandeglang, Ketua di Pengadilan Negeri Blitar, Wakil Ketua di Pengadilan Negeri Mataram.
Eko juga menjadi Ketua Pengadilan Negeri Mataram pada 2017.
Eko Aryanto lalu kembali ke Jawa Timur dengan menjadi Ketua Pengadilan Negeri Tulungagung. Sebelum akhirnya bertugas di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat.
Di Jakarta ia pernah menangani kasus besar. Seperti kasus John Kei. Selain itu dia menangani perkara Bukon Koko dan Yeremias terkait kematian Yustis Corwing (Erwin).