Karier Eko Aryanto makin moncer pada 2008, saat dia menjadi Wakil Ketua Pengadilan Negeri Sawah Lunto. Lalu menjabat Wakil Ketua dan Ketua di Pengadilan Negeri Pandeglang, Ketua di Pengadilan Negeri Blitar, Wakil Ketua di Pengadilan Negeri Mataram.
Masih di Mataram, Eko menjadi Ketua Pengadilan Negeri Mataram pada 2017.
Setelah itu, dia kembali ke Jawa Timur dengan menjadi Ketua Pengadilan Negeri Tulungagung. Sebelum akhirnya bertugas di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat.
Saat di Jakarta, sejumlah kasus besar pernah ditangani. Selain John Kei, dia menangani perkara Bukon Koko dan Yeremias terkait kematian Yustis Corwing (Erwin).