Hasto juga dijerat dalam kasus perintangan penyidikan alias obstruction of justice terkait kasus Harun Masiku yang kini masih buron.
KPK bahkan mengaku akan segera menahan Hasto Kristiyanto setelah berstatus tersangka dalam dua kasus tersebut. Setelah menjadi tersangka KPK, Hasto juga telah dicekal untuk tidak bepergian ke luar negeri.