Kini, Tom Lembong kini harus menghadapi proses hukum atas dugaan korupsi impor gula. Ia diduga memberikan izin kepada perusahaan swasta untuk mengimpor gula kristal mentah (GKM) untuk diolah menjadi gula kristal putih (GKP), meski aturan menyebut impor GKP hanya boleh dilakukan oleh Badan Usaha Milik Negara (BUMN).
Tindakan ini dianggap melanggar Keputusan Menteri Perdagangan dan Menteri Perindustrian Nomor 257 Tahun 2014.
Kejagung menetapkan Tom Lembong sebagai tersangka dengan jeratan pasal 2 ayat 1 atau pasal 3 juncto pasal 18 UU Nomor 20 Tahun 2001 serta pasal 55 KUHP. Jika terbukti bersalah, Tom Lembong menghadapi ancaman hukuman penjara hingga seumur hidup.