Budiman juga pernah mengenyam pendidikan di SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta walau tidak sampai tamat. Adalah permintaan sang ayah yang membuat Budiman sekolah di SMA Muhammadiyah.
Budiman diminta tinggal di Kauman, perkampungan tempat pusat kegiatan agama Islam, di dekat alun-alun. Kedua, Budiman harus melanjutkan pendidikan di sekolah berkarakter agama. Dan ketiga, ia diwajibkan meneruskan pelajaran mengajinya.
Pada tahun 2014, Budiman Sudjatmiko melengkapi keislamannya dengan menunaikan rukun Islam kelima yaitu naik haji. Budiman saat itu tak dapat menahan tangis ketika pertama kali sholat di Raudhah.
“Dari berbagai buku bacaan, saya sangat meresapi perjuangan Nabi Muhammad Saw dan seolah-olah saya sekarang sedang berada disampingnya. Nabi Muhammad Saw tidak hanya tokoh panutan di dunia tetapi juga di akhirat. Nabi Muhammad Saw adalah manusia agung yang akan menyelamatkan kehidupan saya di dunia maupun di akhirat kelak,” ungkap Budiman dengan air mata berlinang dikutip dari website budimansudjatmiko.net.