Selepas pensiun sebagai prajurit pada 2010, Sjafrie langsung dipercaya membantu pemerintahan, antara lain selama periode kedua pemerintahan Presiden Ke-6 Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) sebagai Wakil Menteri Pertahanan (2010–2014), kemudian sebagai Asisten Menteri Pertahanan bidang Manajemen Pertahanan (2019–2024).
Dalam rentang waktu sebagai asisten Menhan, Sjafrie juga berhasil meraih gelar doktoralnya di Universitas Pertahanan pada 2023 dengan disertasi berjudul “Pengembangan Model Kerja Sama Sipil Militer dalam Pengelolaan Kebijakan Umum Pertahanan Negara Indonesia”.
Dalam karya disertasinya itu, Sjafrie mengusulkan dibentuknya Dewan Pertahanan Nasional sebagai model kerja sama sipil militer dalam menjalankan kebijakan umum pertahanan negara (jakumhanneg).
Buah pikiran Sjafrie saat itu diuji langsung oleh Direktur Pascasarjanan Universitas Pertahanan Mayjen TNI Joni Widjayanto, Letjen TNI (Purn) Yoedhi Swastanto, Surachman Suraatmadja, Kolonel Laut (K) Sutanto, dan dua penguji eksternal yaitu Jimly Asshiddiqie, dan Ryaas Rasyid.
Berbekal riwayat penugasan, pengalaman, dan latar pendidikan yang lengkap, tentu Sjafrie diharapkan dapat melanjutkan berbagai pekerjaan yang masih tersisa di Kementerian Pertahanan sekaligus membuat terobosan-terobosan untuk memastikan NKRI terlindungi, disegani, dan berdaya gentar baik di kawasan maupun dunia.