Infografis
Pasalnya, Pigai pernah menjabat sebagai Staf Khusus Menteri di Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi pada tahun 1999–2004. Ketika itu, ia bekerja untuk Menteri Alhilal Hamdi dan Yacob Nuwa Wea.
Dia juga menjabat sebagai Konsultan Deputi Pengawasan Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi dan Tim Asistensi di Direktorat Jenderal Otonomi Daerah Kementerian Dalam Negeri tahun 2010 hingga 2012 di bawah Djohermansyah Johan.
Di sisi lain, Pigai pernah pula dipercaya untuk memandu dialog interaktif di Televisi Republik Indonesia yang membahas isu-isu politik dan pemerintahan dari tahun 2006 hingga 2008.
Menukil majalah Wacana HAM Edisi VI/Tahun X/2012, Pigai termasuk aktif menuangkan pemikirannya melalui tulisan. Di dalam buah karyanya, Pigai banyak menulis tentang kondisi HAM di Papua.
Beberapa tulisan Pigai yang dipublikasikan dalam bentuk buku, yaitu Evolusi Nasionalisme dan Sejarah Konflik Papua, Anak Indonesia Teraniaya: Status Kewarganegaraan Anak TKI di Malaysia, Migrasi Tenaga Kerja Internasional, dan Tenaga Kerja Penyandang Cacat. Tak hanya itu, Pigai juga menulis artikel dan opini terkait HAM di media massa, seperti Kematian Theys Eluay dan Masa Depan Papua, Aksi Premanisme terhadap Pers, dan Papua Mati di Lumbung Padi.
Dari komisioner menjadi menteri
Keseriusan Pigai berkecimpung di dunia HAM membawanya duduk di kursi anggota Komisi Nasional HAM masa bakti 2012–2017.
Pigai ditugaskan sebagai Komisioner Subkomisi Pemantauan dan Penyelidikan. Selaku komisioner, Pigai memiliki tugas pokok memantau pengamatan pelaksanaan HAM serta menyelidiki dan memeriksa peristiwa yang diduga melanggar nilai-nilai HAM.
Kewenangan Subkomisi Pemantauan dan Penyelidikan juga termasuk memanggil pihak pengadu, teradu, korban, pihak terkait, maupun saksi dalam laporan yang masuk ke Komnas HAM; peninjauan lokasi kejadian; hingga pemberian pendapat HAM di pengadilan terhadap perkara tertentu.
Berdasarkan pengalaman tersebut, Pigai dipercaya oleh Presiden RI 2024–2029 Prabowo Subianto menjadi Menteri HAM.
Dapat dikatakan, Natalius Pigai merupakan Menteri HAM pertama di Indonesia karena nomenklatur kementerian ini baru ada dalam Kabinet Merah Putih yang dipimpin Prabowo.
