Beberapa kewenangan yang berkurang adalah Dewan Syuro tidak lagi menandatangani surat-surat keputusan, hingga memberikan keputusan terhadap hal-hal strategis partai, sehingga dinilai terjadi penghilangan eksistensi secara fundamental di dalam AD/ART maupun secara teknis administratif di internal PKB.
Hilangnya kewenangan Dewan Syuro juga disebut membuat kepemimpinan PKB tersentralisasi di Ketua Umum.
Bahkan, AD/ART hasil Muktamar Bali secara eksplisit menyatakan bahwa Ketua Umum PKB mempunyai kewenangan yang luar biasa, seperti menentukan kebijakan partai yang strategis, memberhentikan pengurus DPW maupun DPC tanpa musyawarah wilayah (muswil) ataupun musyawarah cabang (muscab).
Sementara, Ketua Umum Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) Muhaimin Iskandar, mengaku siap berdialog dengan putri presiden ke-4 RI K.H. Abdurrahman Wahid (Gus Dur), Yenny Wahid dan Wakil Presiden RI Ma'ruf Amin untuk membahas konflik yang terjadi antara Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) dan PKB.
Namun, dia menegaskan bahwa PBNU dan PKB adalah dua organisasi yang berbeda. (Antara)