Lalu, keesokan harinya atau pada 4 September 2024, pemimpin umat Katolik tersebut dijadwalkan bertemu Presiden Joko Widodo di Istana Merdeka, Jakarta.
Kemudian, pada 5 September 2024, Paus Fransiskus dijadwalkan menghadiri pertemuan antaragama di Masjid Istiqlal, Jakarta, dilanjutkan pertemuan dengan penerima manfaat organisasi amal di Kantor Konferensi Waligereja Indonesia (KWI).
Terakhir, ia akan memimpin misa akbar di Stadion Gelora Bung Karno (GBK). Rencananya kegiatan ini akan dihadiri sekitar 84 ribu jemaat katolik dari seluruh wilayah di Indonesia.
Paus Fransiskus akan melanjutkan perjalanan dari Jakarta menuju Papua Nugini pada tanggal 6 September. Ia akan berangkat dari Ibu Kota menuju Port Moresby sekitar pukul 09.45 WIB melalui Bandara Internasional Soekarno-Hatta.