Nur Mahmudi mengambilnya dan meletakkan jabatan sebagai Presiden Partai Keadilan.
Era PKS
Berdasarkan Undang-Undang Pemilu Nomor 3 Tahun 1999 tentang syarat berlakunya batas minimum keikut sertaan parpol pada pemilu selanjutnya (electoral threshold) minimal dua persen, maka untuk dapat ikut kembali di Pemilu berikutnya PK berubah menjadi Partai Keadilan Sejahtera (PKS).
PKS secara resmi berdiri pada 2 Juli 2003. Hidayat Nur Wahid menjabat sebagai Presiden PKS selepas Nur Mahmudi Isma'il meletakkan jabatannya.
Partai ini kemudian mengikuti Pemilu 2004 dan memperoleh 8.325.020 suara dengan 45 kursi di DPR. Hidayat Nur Wahid terpilih sebagai ketua MPR periode 2004-2009. Dia pun juga meletakkan jabatan sebagai Presiden PKS yang kemudian digantikan Ifatul Sembiri.