Banyak terlibat dalam dunia reserse, Suwondo pernah didapuk menjadi Kasubdit V/Dittipidum Bareskrim Polri (2016) dan Kasubdit I/Dittipidter Bareskrim Polri.
Setahun berselang tepatnya di 2017, Suwondo ditunjuk untuk bertugas sebagai Dirresnarkoba Polda Metro Jaya.
Suwondo juga menjadi Anjak Madya Bidang Pidana Umum (Pidum) Bareskrim Polri tahun 2019.
Ramainya Covid-19 saat itu, Suwondo diberikan tanggungjawab sebagai Karobinkar SSDM Polri pada 2020. Pada tahun yang bersamaan juga, Suwondo ditunjuk menjadi Kepala Korbinmas Baharkam Polri.
Pada 2022, Suwondo Nainggolan menjabat sebagai Kapolda DIY hingga saat ini.