Ditjen Cipta Karya juga hadir dalam manajemen sanitasi kota-kota besar di Indonesia. Program MSMIP menghadirkan fasilitas pengolahan limbah yang akan memperbaiki kualitas sanitasi di lingkungan urban. Program MSMIP hadir di tiga kota besar di Indonesia meliputi Jambi, Makassar, dan Pekanbaru.
Fasilitas pengolahan limbah di Makassar akan mencakup 24 desa/kelurahan yang ada di Kota Makassar. Fasilitas tersebut dapat menampung hingga 16.000 meter kubik limbah per hari. Sedangkan untuk sambungan pipa sepanjang 72,8 kilometer yang tersebar di wilayah tersebut.
Sementara itu, fasilitas pengolahan limbah serupa di Kota Jambi dan Pekanbaru juga hadir dengan spesifikasi serupa. Fasilitas di Kota Pekanbaru akan mencakup pengolahan limbah di 15 desa/kelurahan, sementara fasilitas di Kota Jambi akan mencakup di 12 desa/kelurahan.

Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 18 Tahun 2020 telah menetapkan target rumah tangga yang memiliki akses sanitasi layak agar ditingkatkan sampai 90 persen pada tahun 2024. Pada tahun tersebut, angka pencapaian rumah tangga yang memiliki akses sanitasi layak telah mencapai 82,36 persen.
Ditjen Cipta Karya juga terlibat dalam proses pembangunan lima tempat yang ditunjuk menjadi KSPN. Kelima wilayah tersebut di antaranya Danau Toba, Borobudur, Mandalika, Labuan Bajo, dan Likupang.