Berikut karya Kiai Cholil di Jurnal Ilmiah
- Format Bernegara Dalam Islam (Jurnal Kajian Timur Tengah dan Islam, volume IV/2000 – 2001)
- Islam dan Pluralisme di Indonesia (Ad-Da’wah, volume 2 No 2, Februari 2005)
- Corak Pemikiran Hukum Ekonomi Islam di Indonesia (Ad-Da’wah, volume 3 No. 1, Agustus 2005)
- Posisi Akal Dalam Menetapkan Hukum Islam (Ad-Da’wah, volume 3 No. 2, Februari 2006)
- Wakaf Sebagai Jaminan Sosial (Al-Awqaf, volume 2, Oktober 2009)
- Aplikasi Wakaf Uang di Indonesia (Al-Awqaf, volume IV, No. 02 Juli 2011)
- Peranan MUI dan Metode Istinbat Fatwa dalam Undang-undang Perbankan Syariah di Indonesia (Jurnal Pengurusan, volume 35, September 2012 Universiti Kebangsaan Malaysia Press)
- Syariah Banking Law and Fatwa (Islamic Legal Institution) in Indonesia (Jurnal of International Banking Law and Regulation, Volume 28 Mei Issue 12 Tahun 2013)
- Penyerapan Fatwa ke dalam Undang-Undang Perbankan Syariah di Indonesia (Jurnal Middle East and Islamic Studies”, Volume 3 Nomor 6 Juli-Desember 2014 – MEIS)