Karirnya semakin moncer kemudian menjabat Kapolres Kaimana Polda Papua Barat (2005), Wakasat Brimob Polda Papua (2007), Kapolres Jayapura (2009), dan Wadirpamobvit Polda Kalsel (2011).
Selanjutnya ia diangkat menjadi Kasat Brimob Polda Papua pada tahun 2014. Pada tahun 2018, menjabat Analis Kebijakan Madya Bidang Brigade Mobil Korbrimob Polri.
Berikutnya, Irjen Mathius pun promosi lagi menjadi Wakapolda Papua Barat. Tak lama kemudian Mathius dimutasi lagi menjadi Wakapolda Papua. Tak lama berselang, tepatnya tahun 2021, Mathius Fakhiri diangkat sebagai Kapolda Papua hingga saat ini.
Catatan redaksi: Kami kembali memperbaiki isi tulisan ini pada hari Senin 18 Maret 2024, setelah mendapat protes dan informasi dari Kapolda Papua Irjen Mathius Fakhiri. Sebelumnya, ada penyebutan agama Hindu, dan ternyata informasi tersebut salah. Atas kesalahan itu, redaksi mohon maaf.