Sebelum terjun ke dunia politik, Muhaimin bekerja di beberapa organisasi termasuk antara dan selama kuliah.
Setelah menyelesaikan studinya ia pindah ke Jakarta dan bekerja di Lembaga Kajian Islam dan Sosial (LKiS) sebagai sekretaris, Lembaga Pendapat Umum (yang didirikan oleh Gus Dur) sebagai kepala divisi penelitian.
Cak Imin menikah dengan Rustini Murtadho pada tahun 1995. Menurut Muhaimin, ia memanggil empat tokoh politik besar (Megawati Soekarnoputri, Taufiq Kiemas, Abdurrahman Wahid dan Eros Djarot) untuk meyakinkan mertuanya ketika ia melamar.
Pasangan ini memiliki tiga anak yang lahir pada tahun 1996, 2000 dan 2003.