Pada 1990, ia ditugaskan menjadi Satgas Kopassus di Timor Timur. 3 tahun sebelumnya, Sjafrie menjadi Dantim Maleo Irian Jaya. Setelah Soeharto lengser dan Orde Baru remuk, nama Sjafrie sempat meredup.
Baru pada 2002, ia ditugaskan menjadi Kapuspen TNI. Ia akhirnya pensiun pada 2010 dan pangkat terakhir terakhir sebagai Letnan Jenderal.
Suami dari Etty Sudiyati ini juga memiliki adik yang berkarier di militer yakni Marsekal Muda TNI (Purn.) Maroef Sjamsoeddin. Anak Sjafrie saat Pandemi Covid-19 sempat menjadi Subsatgas Covid 19 Grup 3 Kopassus yakni Mayor Inf M. Benrieyadin Sjafrie, BSc. MSc.