Eddy Hiariej kemudian melanjutkan studi S2 Ilmu Hukum di UGM dan selesai pada 2004. Kemudian, melanjutkan studi S3 dan selesai pada 2009.
Setelah itu, Eddy Hiariej bekerja sebagai dosen di almamaternya UGM sejak 1999. Tiga tahun kemudian pada 2002, Eddy Hiariej menjadi Asisten Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan UGM sampai 2007.
Lantas pada tahun 2010, Eddy Hiariej dikukuhkan menjadi guru besar ilmu hukum pidana UGM. Rekam jejaknya di dunia pendidikan amat moncer, Eddy Hiariej menyandang gelar profesor di usia muda, yakni 37 tahun!
Hingga kemudian pada 23 Desember 2020, Eddy Hiariej dilantik Presiden Joko Widodo (Jokowi) menjadi Wamenkumham.
Di luar bidang akademik, Eddy Hiariej pernah dihadirkan menjadi saksi ahli dalam sidang kasus penodaan agama dengan terdakwa Basuki Tjahaja Purnama (Ahok) pada 2017.
Dia juga pernah dihadirkan menjadi saksi ahli dalam sidang sengketa hasil Pilpres 2019 di Mahkamah Konstitusi (MK).
Eddy Hiariej juga pernah dihadirkan sebagai saksi ahli dalam sidang Jessica Kumala Wongso dalam kasus kematian Wayan Mirna Salihin.