Yudo Margono juga sempat mengemban beberapa jabatan penting dalam dunia militer. Di antaranya Asisten Perwira Divisi (Aspadiv) Senjata Artileri Rudal di KRI YNS 332 (1988), Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364 dan Komandan KRI Pandrong 801.
Selanjutnya, ia juga mengemban jabatan Komandan KRI Sutanto 877, Komandan KRI Ahmad Yani 351, Komandan Lanal Tual pada 2004 hingga 2008, Komandan Lanal Sorong pada 2008 hingga 2010 dan Komandan Satkat Koarmatim pada 2010.
Kariernya semakin terbang tinggi setelah menjabat sebagai Panglima Komando Lintas Laut Militer (Kolinlamil) pada 2017 sampai 2018. Kemudian Panglima Komando Armada I-Wilayah Barat pada 2018 sampai 2019.
Terakhir, Yudo Margono menjabat sebagai Kepala Staf Angkatan Laut pada 2020, sebelum akhirnya dilantik oleh Presiden Jokowi sebagai Panglima TNI sejak 2022.
Kontributor : Annisa Fianni Sisma