Sementara itu bakat politik Panda telah terlihat sejak jadi mahasiswa lewat keaktifannya dalam beberapa kegiatan organisasi. Dia tercatat pernah menjadi anggota Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia (GMKI) tahun 1963 serta ketua Departemen Organisasi dari Gerakan Mahasiswa Bung Karno di Jakarta dari tahun 1963 sampai 1966.
Karier politik Panda dimulai pada tahun 1993 ketika dia bergabung dengan Partai Demokrasi Indonesia (PDI). Lima tahun kemudian pada tahun 1998 ketika terjadi konflik internal dalam PDI, Panda Nababan pindah ke Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP).
Bersama PDIP, dia terpilih menjadi anggota DPR RI untuk Komisi III, komisi yang menangani bidang hukum, hak asasi manusia dan keamanan.
Kasus Panda Nababan
Pada tahun 2011, Panda jadi terpidana kasus suap cek pelawat pemilihan Deputi Gubernur Senior Bank Indonesia. Dia mendapat hukuman 17 bulan penjara dan denda sebesar 150 juta rupiah subsider 3 bulan bersama tiga politisi PDI-P lainnya yakni Engelina Pattiasina, M. Iqbal dan Budiningsih.
Pada Mei 2012 Panda dinyatakan bebas bersyarat. Dia lalu mengajukan Peninjauan Kembali terhadap putusan kasasi Mahkamah Agung (MA) karena masih belum bisa menerima putusan hakim. Akibat kasus ini, Panda mengundurkan diri sebagai anggota DPR tapi tetap merupakan kader PDIP.
Kontributor : Trias Rohmadoni