Panji Gumilang, pendiri pesantren itu, juga diketahui tengah berencana akan membangun gereja serta pesantren Kristen di Al Zaytun.
Bahkan, Panji Gumilang juga dihujat lantaran diduga menghalalkan zina. Panji juga mengatakan bahwa penebusan dosa zina bisa diganti dengan uang.
Selain itu, Panji Gumilang juga ingin menjadikan wanita sebagai khatib Salat Jumat di Al Zaytun. Bahkan kontroversi yang terbaru, Panji Gumilang meragukan kebenaran Alquran.