Namun kemudian, Muchdi Pr pernah terseret dalam pembunuhan seorang aktivis HAM, Munir. Ia ditetapkan sebagai terdakwa kasus pembunuhanMunir. Menurut Jaksa, motifnya yakni dendam yang dikaitkan kasus penculikan aktivis pada 1997/1998 yang dilakukan tim Mawar.
Polisi pun menangkap Muchdi Pr pada 19 Juni 2008 dan ditetapkan sebagai tersangka. Motif terduganya adalah sakit hati karena kariernya terhenti pasca penculikan aktivis 1997-1998.
Pada bidang politik, Muchdi Pr turut mendirikan Partai Gerakan Indonesia Raya (Gerindra) pada 2008 bersama Prabowo Subianto. Kemudian ia menjabat sebagai Wakil Ketua Umum Partai Gerindra.
Keduanya sangat dekat sejak lama dan saling mendukung di bidang politik. Namun pada 23 Februari 2011, keduanya berpisah dan Muchdi memilih PPP dan hengkang dari Gerindra. Peralihan keduanya terlihat saat Prabowo mencalonkan diri sebagai presiden, Muchdi Pr tidak mendukungnya.
Kini, Muchdi Pr menjabat sebagai Ketua Umum Partai Berkarya sejak 2020.
Kontributor : Annisa Fianni Sisma