Mekeng diduga menerima suap sebesar USD 1,4 juta terkait dengan proyek e-KTP. Dugaan tersebut diungkapkan dalam sidang pembacaan dakwaan mantan Direktur Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil Irman dan mantan Direktur Pengelola Informasi Administrasi Kependudukan Direktorat Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kementerian Dalam Negeri Sugiharto.
Dia juga pernah dituduh menyalahi wewenang sebagai pemimpin Banggar dengan ikut bagian dalam penyalahgunaan uang program Dana Penyesuaian Infrastruktur Daerah (DPIP) pada Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara tahun 2011. Proyek tersebut bernilai sekitar Rp 7,7 triliun. Hal itu diungkapkan mantan anggota Banggar dari Fraksi PDI Perjuangan, Wa Ode Nurhayati, yang kemudian ditetapkan KPK sebagai tersangka.
Mekeng juga pernah dipanggil KPK terkait kasus suap wisma atlet di Hambalang, Bogor. Namanya disebut Muhammad Nazaruddin dalam persidangan ketika itu.