Sebelum berkecimpung di pemerintahan, ia lebih dulu menduduki kursi direktur PT Putra Mas, PT Surya Terang Agung, dan PT Makmur Triagung. Zainudin pernah menduduki kursi komisaris di PT Wirabuana Dwi Jaya Persada dan PT Gitrana Sendiko.
Dalam karier politik, Zainudin pernah menjadi anggota DPR RI dari Fraksi Partai Golkar. Ia menjadi anggota DPR RI periode 2004-2009 Dapil Gorontalo dan periode 2009-2014 di Jawa Timur.
Karier politik Zainudin Amali bisa dibilang sukses saat bergabung dengan Golkar. Aburizal Bakrie pernah mempercayainya sebagai Ketua DPD Golkar Jawa Timur pada 2013.
Selama ia duduk di kursi pemerintahan yaitu di kursi DPR RI, Zainudin menempati berbagai komisi. Di tahun 2009-2014, ia menjadi Wakil Ketua Komisi VII yang membawahi bidang energi riset dan teknologi dan juga lingkungan hidup.
Di tahun 2019 lalu, Zainudin seharusnya kembali terpilih sebagai anggota DPR. Namun, Zainudin Amali mundur setelah ditunjuk oleh Presiden Jokowi sebagai Menteri Pemuda dan Olahraga sejak tanggal 23 Oktober 2019.
Namun sayang, Zainudin Amali dipecat dari jabatannya pada bulan Oktober 2014 karena ia mendukung pilkada langsung oleh rakyat pada Paripurna DPR pada tanggal 26 September 2014.
Zainudin kemudian menjadi Sekretaris Jenderal Golkar dari partai kubu Agung Laksono pada Munas Golkar di Ancol pada 2014. Selang satu tahun, pada saat dua kubu Golkar kembali bersatu. Ia kemudian menjadi salah satu Ketua DPP di partai tersebut.
Karier di Bidang Olahraga
Sebelum akhirnya menjabat sebagai Menpora, ia tidak mempunyai latar belakang tertentu di dunia olahraga. Pada saat menjalankan tugas di Menpora, Zainudin menyatakan ia mempunyai tiga tema untuk mengembangkan dunia olahraga di Indonesia, diantaranya yaitu Sport Science, Sports Tourism, dan Sports Industry.
Baca Juga: Zainudin Amali Mundur, Jatah Kursi Menpora Tetap Milik Golkar?
Sport Science sendiri dilakukan agar membuat pembinaan atlet yang terukur dan juga sesuai dengan standar. Sports Tourism ini digunakan agar menjadikan alam Indonesia sebagai daerah wisata olahraga. Sports Industry untuk memanfaatkan industri barang dan juga jasa buatan dalam negeri.