SBY kala itu dituding terlibat dalam insiden tersebut, hingga membuat memori pahit bagi para kader PDI yang akhirnya bertransformasi menjadi PDI Perjuangan.
Meski demikian, Megawati yang saat itu menjabat presiden RI pada periode 2001-2004 mengangkat SBY sebagai Menteri Koordiantor Bidang Politik dan Keamanan (Menko Polkam).
Sontak, kader PDI P mempertanyakan langkah Megawati tersebut.

Jabatan SBY sebagai seorang menteri tak berlangsung lama. Ia akhirnya memutuskan untuk mengundurkan diri dan beredar isu bahwa dirinya merasa tak dihargai oleh Megawati.
Kerenggangan antara Megawati dengan SBY lambat laun memupuk, hingga puncaknya pada Pilpres 2004. Kedua tokoh besar partai tersebut akhirnya berhadapan berebut suara rakyat. Akhirnya, SBY mengungguli suara Megawati dan kepresidenan diberikan ke tangan politisi Partai Demokrat itu.
Fenomena semacam itu tak hanya terjadi sekali, sebab beberapa kali kesempatan Pilpres, Megawati dan SBY saling berebut suara.