Lulus dari ELS, Sri Sultan kemudian melanjutkan pendidikan di Hogere Burger School (HBS) yang berada di Semarang, lalu berpindah ke kota Bandung. Pendidikan tingkat SMP dan SMA itu berhasil ditamatkan Dorodjatun pada tahun 1931.
Setelah menyelesaikan pendidikan SMP dan SMA, ia berkuliah di Rijkuniversiteit (sekarang bernama Universiteit Leiden), Belanda. Henkie mengambil jurusan Indologie atau ilmu tentang Indonesia, dan juga jurusan Ekonomi.
Resmi Diangkat Menjadi Sultan Yogyakarta
Lulus dari Universiteit Leiden, Henkie memutuskan kembali ke Indonesia pada Oktober 1939. Baru tiga hari di keraton, ayah Sri Sultan Hamengkubuwono IX, Sri Sultan Hamengkubuwono VIII, jatuh sakit hingga tak sadarkan diri. Kemudian pada 22 Oktober 1939, Sri Sultan Hamengkubuwono VIII menghembuskan nafas terakhirnya.
Selang lima bulan setelah Sri Sultan Hamengkubuwono VIII resmi mangkat tepat pada18 Maret 1940, Dorodjatun diangkat sebagai Sultan Yogyakarta. Dia resmi menyandang gelar Sampeyan Dalem Ingkang Sinuwun Kandjeng Sultan Hamengkubuwono Senopati Ing Ngalaga Abdurrahman Sayidin Panatagama Khalifatullah ingkang Jumeneng Kaping Sanga.
Jabatan Sri Sultan Hamengkubuwono IX
Tak hanya sebagai Sultan Yogyakarta, Dorodjatun juga pernah mengemban sejumlah jabatan dalam pemerintahan, diantaranya yaitu:
1. Kepala sekaligus Gubernur Militer Daerah Istimewa Yogyakarta pada tahun 1945
2. Menteri Negara pada Kabinet Sjahrir III pada tahun 2 Oktober 1946 hingga 27 Juni 1947
Baca Juga: Eks Menteri ESDM Subroto Meninggal Dunia
3. Menteri Negara pada masa Kabinet Amir Sjarifuddin I dan II dari 3 Juli 1947 hingga 11 November 1947 dan 11 November 1947 hingga 28 Januari 1948