Pada 3 November, penyidik KPK menemui Lukas Enembe di kediamannya di Kota Jayapura, Papua. Hal itu untuk melakukan pemeriksaan. Pada saat itu KPK datang membawa dokter dari KPK dan Ikatan Dokter Indonesia (IDI) untuk pemeriksaan kesehatan.
Pada kasus ini KPK menyita berbagai barang bukti. Hal itu terdiri dari berbagai dokumen di antaranya bukti elektronik, catatan keuangan, uang tunai dalam bentuk rupiah, dan emas batangan. Sejumlah barang bukti didapatkan dari dua lokasi di Jakarta, yakni rumah Lukas Enembe dan sebuah apartemen.