Namun demikan, Komnas HAM mengapresiasi adanya upaya Hakim dalam memberikan pertimbangan hukum yang objektif dan kritis yang dapat dilihat dari adanya 2 Hakim yang memberikan dissenting opinion.
Komnas HAM pun meberikan sejumlah rekomendasinya, di antaranya meminta Jaksa Agung segera menindaklanjuti putusan dengan memproses secara hukum terhadap pelaku memiliki tanggung jawab komando dalam Peristiwa Paniai tahun 2014 sesuai hasil penyelidikan Komnas HAM.
Kemudian meminta Jaksa Agung mengambil upaya hukum dengan putusan yang membebaskan Isak Sattu. Kepada Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban diminta pro-aktif dalam memberikan perlindungan dan pemenuhan hak saksi dan korban dalam Peristiwa Paniai 2014.