Runtuhnya kerajaan mulai terjadi pada saat dipimpin oleh raja bernama Maharaja Dharma Setia yang diketahui meninggal dunia dalam peperangan melawan raja Kutai Kertanegara ke-13, Aji Pangeran Anum Panji Mendapa.
Adapun, kerajaan Kutai Kertanegara berbeda dengan kerajaan Kutai Marthadipura, sehingga Raja Aji Pangeran mengambil alih kepemimpinan kerajaan Kutai yang akhirnya dikenal menjadi kesultanan Islam.
Ada tujuh prasasti yupa yang ditemukan dan menjadi bukti sejarah kerajaan Kutai, di mana semua peninggalan itu ditulis dalam bahasa Pallawa dan Sansekerta.
Salah satu prasasti tersebut dikeluarkan oleh Raja Mulawarman dan menceritakan tentang tiga penguasa yang ada di daerah tersebut.
Peninggalan Kerajaan Kutai yang paling penting berupa tujuh buah Prasasti Yupa yang dibuat sekitar tahun 350-400 masehi.

Nah setelah Kerajaan Kutai Hindu ini runtuh ada juga peninggalan kerajaan Kutai pada masa kesultanan Islam atau kerajaan Kutai Marthadipura, diantaranya:
- Ketopong Sultan
Yaitu mahkota Sultan Kerajaan Kutai yang terbuat dari emas dengan bobot 1,98 kg serta dilengkapi dengan permata. - Kura-kura Emas
Kura-kura emas yang sekarang tersimpan di Museum Mulawarman ini ditemukan di daerah Long Lalang yang masih kawasan hulu sungai Mahakam, dan merupakan persembahan dari pangeran di sebuah kerajaan Cina untuk putri Raja Kutai, yaitu Aji Bidah Putih. - Gamelan Gajah Prawoto
Peninggalan Kerajaan Kutai berupa Gamelan Gajah Prawoto ini dipercaya berasal dari Jawa. - Pedang Sultan Kutai
Pedang itu disimpan pada Museum Nasional Jakarta. Terbuat dari bahan emas yang padat. Di bagian gagang pedang terdapat ukiran seekor harimau yang sedang bersiap menerkam musuh. Sedangkan ujung sarung pedang dihiasi ukiran seekor buaya. - Kalung Ciwa
Benda yang berbentuk perhiasan ini dipercaya dibuat pada masa kepemimpinan Sultan Aji Muhammad, kalung ciwa ditemukan pada tahun 1890 oleh warga sekitar di Danau Lapan, Muara Kaman.
Itulah beberapa penjelasan tentang Kerajaan Kutai
Kontributor : Rishna Maulina Pratama
Baca Juga: Sejarah Prasasti Yupa, Bukti Eksistensi Kerajaan Kutai di Hulu Sungai Mahakam