Pada tahun 1580 pasukan Belanda datang ke Tanah Hitu. Kedatangan itu membawa kerusuhan di lima wilayah tersebut yang masyarakatnya telah menganut ajaran Islam.
Demi menghindari kerusakan yang lebih parah karena gangguan Belanda, Masjid Wawane itu pun dipindahkan ke kampung Tehala yang berjarak enam kilometer sebelah timur Wawane.
Hingga saat ini, masjid tersebut mengalami beberpa kali renovasi dimulai dari tahun 1464 tanpa merubah bentuk aslinya. Lalu pada tahun 1895 mengalami penambahan serambi di bagian timur Masjid.
Setelah masa kemerdekaan masjid tersebut direnovasi sebanyak enam kali. Meski begitu bagian inti dari bangunan tersebut tidak pernah diubah sama sekali, hingga keasliannya masih bisa dinikmati sampai saat ini.