Bermula pada saat mengajar di Pesantren Al-Zaytun, saat itu dirinya mengaku mendapatkan pemahaman radikal. Dirinya bahkan memberikan nama Saddam Husein kepada salah satu anaknya akibat paham radikal tersebut. Saifudin lantas mengklaim, bahwa pesantren itulah yang membuatnya memiliki pemahaman radikal.
Namun suatu hari di tahun 2006, dirinya memutuskan untuk berubah. Tepatnya, pada tanggal 4 Maret 2006 Saifudin Ibrahim menjadi Kristen. Kepindahannya ke agama Kristen tersebut bukan tanpa konsekuensi.
Dirinya akhirnya bercerai dari istri pertamanya yang merupakan putri seorang tokoh penting di Jepara, dan dirinya juga kehilangan karier dan sejumlah aset akibat keputusannya itu.
Terjerat Kasus Hukum
Pada bulan Desember 2017 lalu, Saifudin Ibrahim pernah ditangkap karena kasus ujaran kebencian. Dirinya diketahui menghina Nabi Muhammad SAW, dan dianggap menistakan agama Islam dengan mengatakan Nabi Muhammad SAW melanggar hak Al Quran dan ia mengklaim sebagai kiai yang hafal Al Quran.
Karena kasus tersebut, tahun 2018 dirinya divonis 4 tahun penjara oleh hakim Pengadilan Negeri Tangerang. Pada saat itu, pengadilan memutus Saifudin Ibrahim bersalah karena menyebarkan informasi yang mengandung ujaran kebencian terhadap agama tertentu.
Kasus terbaru, Kadiv Humas Polri Irjen Pol Dedi Prasetyo mengatakan bahwa pihaknya akan melakukan penyelidikan terhadap Saifudin Ibrahim. Saat ini, kasus tersebut tengah ditangani oleh Dittipidsiber Bareskrim Polri.
Seperti itulah informasi tentang siapa Pendeta Saifudin Ibrahim sebenarnya. Semoga kejadian dan aksi seperti ini tidak akan terjadi lagi di Indonesia demi menjaga kerukunan umat beragama.