Para menteri dan kepala institusi diundang ke pertemuan Senin pagi di parlemen, kata junta dalam pernyataan yang dibacakan lewat siaran TV.
"Siapa pun yang tidak hadir akan dianggap sebagai pemberontak melawan CNRD," kata mereka merujuk pada National Rally and Development Committee (CNRD), nama kelompok mereka.
Pemimpin oposisi utama Guinea, Cellou Dalein Diallo, membantah rumor bahwa dia ikut ditahan.
Conde memenangi masa jabatan ketiga pada Oktober setelah mengubah konstitusi yang membolehkan dirinya menjabat lagi. Langkah itu memicu aksi-aksi protes dengan kekerasan dari kubu oposisi.
Dalam beberapa pekan terakhir, pemerintah telah menaikkan pajak secara drastis untuk mengisi kas negara dan meningkatkan harga bahan bakar sebanyak 20 persen yang menyulut kemarahan di mana-mana.
Hingga Minggu pagi, belum ada kejelasan apakah Doumbouya telah memegang kendali penuh atas pemerintahan.
Kementerian pertahanan merilis pernyataan yang mengatakan bahwa serangan terhadap istana presiden telah berhasil dihalau.
Namun Sekretaris Jenderal PBB Antonio Guterres mengatakan dirinya mengutuk keras "setiap pengambilalihan pemerintah dengan kekuatan" dan mendesak agar Conde dibebaskan segera.
Komunitas Ekonomi Negara-Negara Afrika Barat (ECOWAS) mengancam untuk memberi sanksi menyusul peristiwa yang menurut ketua mereka, Presiden Ghana Nana Akufo-Addo, sebagai percobaan kudeta.
Baca Juga: Kasus Pertama Virus Marburg yang Mematikan Terdeteksi di Afrika Barat
Uni Afrika mengatakan mereka akan menggelar pertemuan darurat dan mengambil "tindakan yang tepat".