Kendati memperjuangkan nilai-nilai luhur Pancasila, ternyata kebijakan Gus Dur ditentang berbagai orang. Bahkan, Gus Dur disebut-sebut sempat difitnah oleh kelompok tertentu.
Akibatnya, partai naungan Gus Dur yakni PKB (Partai Kebangkitan Bangsa) sempat mengalami penurunan suara secara drastis di Jawa Barat.
Namun, Gus Ami mengaku tetap bersyukur lantaran kebijakan sebagaimana ditetapkan Gus Dur tepat dan benar.
"Alhamdulillah kita terus berjuang. Sekarang semua mengakui bahwa apa yang dilakukan Gus Dur adalah benar, dan menyaksikan Indonesia menjadi sangat berbhineka dan sangat plural. Dan meski berbeda-beda tradisi dan budaya, semuanya tetap bersatu," tandas Gus Ami.
Gus Dur sendiri diketahui mengeluarkan beberapa kebijakan terkait kebebasan kelompok Tionghoa.
Selain Inpres Nomor 6 Tahun 2000, Gus Dur juga menetapkan hari Imlek sebagai hari libur nasional melalui Keppres Nomor 9 Tahun 2001.