Ia mencontohkan sejumlah kasus yang sering kali berulang terjadi karena penyelesaiannya dilakukan berbeda antar setiap instansi.
"Tapi didalam praktik penanganan kelautan kita itu didasarkan pada kewenangan UU yang berbeda-beda dan kadangkala timbul masalah, misalnya ada satu penanganan hukum di satu tempat sudah selesai tiba-tiba ada institusi lain yang merasa berwenang melepaskan, sehingga lepas. Itu kan beberapa kali terjadi," kata Mahfud.
"Masing-masing merasa punya tugas dan tidak salah sih secara filosofi, tapi secara operasional menimbulkan masalah dan kami akan tangani masalah kelautan termasuk sekaligus mengatur masalah keamanannya, mengatur masalah pertahanannya, masalah kekayaan lautnya, dan sebagainya semua sedang dibahas nanti mengerucut ke mana."