Disusul serangan kedua tahun 1989-1998, dengan korban jiwa 750 milisi GAM yang disokong dana serta peralatan militer dari Iran dan Libya. Kejadian itu juga menewaskan hampir 10 ribu sipil.
Puncaknya pada serangan ketiga tahun 1999-2002, menewaskan hingga 27 ribu milisi GAM yang dibantu persenjataan dari Thailand, 50 ribu tentara dan polisi, serta lebih dari empat ribu sipil.
Ketiga peristiwa ini memunculkan isu bahwa Militer RI dituduh membakar desa, menculik, memerkosa, dan menyiksa warga diduga simpatisan GAM.
Setelah dibubarkan, beberapa elit GAM dan eks kombatan mendirikan Partai Aceh dipimpin Muzakir Manaf. Mereka pun terjun ke dunia politik praktis.