Penculikan terjadi ketika Theys sedang dalam perjalanan pulang dari upacara peringatan Hari Pahlawan di Markas Tribuana Komando Pasukan Khusus (Kopassus) TNI AD, di Hamadi, Kecamatan Jayapura Selatan. Saat itu, Theys menggunakan mobil Kijang bernomor B 8029 TO.
Pada Minggu (11/11/01) pagi, Yaneke (istri Theys) dan Taha Al-Hamid melaporkan penculikan yang terjadi dengan Theys ke Mapolda Irian Jaya.
Polisi juga mendapat laporan ditemukannya mobil Kijang yang terperosok ke jurang di dekat perbatasan Papua Nugini. Terlihat Theys ditemukan sudah tewas di dalam mobilnya, sedangkan nasib Masoka belum diketahui.
Dipimpin oleh Kepala Polres Jayapura Ajun Komisaris Besar Daud Sihombing, polisi mengevakuasi jenazah di kawasan Koya.
Dalam investigasi sementara menunjukkan, mobil Kijang tersebut terperosok dalam keadaan mesin mati. Hal itu terlihat dari kunci starter yang dalam posisi tidak menyala. Terlihat posisi mobil yang tersangkut di pohon berjarak empat meter di bawah jalan.
Keadaan tersebut membuat pembunuhan ini terlihat memiliki perencanaan yang matang dan rapih.
Pembunuhan ini dikaitkan dengan profil Theys sebagai tokoh sipil dan tokoh adat yang dianggap berseberangan dengan pemerintah Jakarta.
Theys berbicara dengan “bahasa budaya” kepada pemerintah Indonesia, namun berbicara dengan “bahasa politik” kepada rakyat Papua.
Berdasarkan hasil penyelidikan, dalam hasil monitoring ELS-HAM Papua, adanya “operasi jam malam” yang melibatkan TNI AD, AL, dan Kopassus.
Baca Juga: Pemuda Malang yang 'Palu' Kepala Kawan Sampai Tewas Terancam Hukuman Mati
ELS-HAM Papua juga mendapat informasi dari sumber berinisial DW dan TW, bahwa dia mengadakan rapat dengan Kopassus untuk melakukan “rencana perlakuan jam malam” di daerah Koya.