Akibat kasus ini, sejumlah petinggi negara ikut diperiksa, salah satunya adalah Kepala Kejaksaan Negeri Jakarta Selatan Nanang Supriatna. Pihak kejaksaan sempat mengirimkan Asisten bidang Pengawasan Kejaksaan Tinggi DKI Jakarta ke kantor Nanang untuk meminta klarifikasi.
Selain itu, ada pula nama Brigjen Prasetijo Utomo yang disebut memberikan surat jalan kepada Djoko Tjandra. Mabes Polri pun tak menampik jika Brigjen Prasetijo Utomo ikut mendampingi Djoko Tjandra di dalam pesawat saat menuju Pontianak, Kalimantan Barat untuk kembali ke Kuala Lumpur, Malaysia.