Uskup Hilarion, yang mengepalai departemen Gereja Ortodoks Rusia untuk hubungan gereja eksternal, menggambarkannya sebagai "pukulan bagi Kekristenan global".
Dewan Gereja Dunia, yang mewakili 350 gereja Kristen, mengatakan telah menulis surat kepada Erdogan untuk mengungkapkan "kesedihan dan kecemasan" mereka.
Kepala Gereja Ortodoks Yunani, Uskup Agung Ieronymos, menggambarkan keputusan Erdogan sebagai "instrumentalisasi agama untuk tujuan partisan atau geopolitik".
"Kemarahan dan kesombongan tidak hanya menyangkut Gereja Ortodoks dan Kristen tetapi semua umat manusia yang beradab ... terlepas dari agama," tambah Ieronymos.
Baca Juga: Hagia Sophia Kembali Jadi Masjid, Erdogan: Hormati Keputusan Kami
Erdogan mengatakan Hagia Sophia - yang dikenal sebagai Ayasofya di Turki - akan tetap terbuka untuk umat Muslim, Kristen, dan pengunjung.
"Pintu Hagia Sophia akan tetap terbuka untuk pengunjung dari seluruh dunia," kata Fahrettin Altun, pembantu pers Turki.
"Orang-orang dari semua denominasi agama dipersilakan untuk mengunjunginya - sama seperti mereka dapat mengunjungi masjid lain, termasuk Masjid Biru." tambahnya.
UNESCO melalui Komite Warisan Dunia akan meninjau status Hagia Sophia, dan keputusan Turki menimbulkan pertanyaan tentang efek pada nilai universal sebagai situs penting yang melampaui batas dan generasi.
Baca Juga: Cinta Penelope Sambut Suka Cita Usai Hagia Sophia Resmi Jadi Masjid