Dana yang dianggarkan untuk Dewan Pengawas RSUD oleh Dinas Kesehatan DKI dimasukan dalam Anggaran BLUD RS Koja sejumlah Rp 211 juta untuk satu tim dewan pengawas dalam jangka waktu satu tahun.
Dalam Pergub 226/2016 tertuang bahwa satu tim Dewan Pengawas RSUD terdiri atas lima anggota dari profesional, asosiasi kesehatan, pemilik RS dan tokoh masyarakat.