Perlu diketahui, proses pembangunan Masjid Apung Ancol ditargetkan rampung satu tahun mulai dari pelaksanaan pemancangannya (groundbreaking). Nantinya area masjid memiliki luas 2.000 meter persegi yang mampu menampung hingga 2.500 orang jemaah.
Bangunan akan berbentuk segi lima yang mencerminkan rukun islam serta jumlah waktu shalat wajib dalam satu hari. Tinggi masjid mencapai 25 meter yang melambangkan 25 Nabi yang dikisahkan dalam Al-Qur'an. Pada sisi luar masjid akan terdapat enam buah minaret (menara) yang melambangkan dasar rukun iman.