BJ Habibie kemudian digantikan oleh Abdurrahman Wahid alias Gus Dur yang terpilih sebagai presiden pada 20 Oktober 1999 oleh MPR hasil Pemilu 1999.
Dengan menjabat selama 2 bulan dan 7 hari (sebagai wakil presiden) dan juga selama 1 tahun dan 5 bulan (sebagai presiden), BJ Habibie merupakan Wakil Presiden dan juga Presiden Indonesia dengan masa jabatan terpendek.