Soal referendum, Mahfud MD menegaskan Papua berbeda dengan Timor Timur. Sejak awal, Timor Timur telah memiliki kewenangan untuk memisahkan diri dari Indonesia.
"Timor Timur sudah sejak awal masuk dalam catatan Komite 24 PBB tentang self governing territory, dia memang daerah yan berhak punya pemerintahan sendiri, sedangkan Papua tidak ada dalam daftar itu. Jadi mau minta referendum dari mana tidak bisa secara hukum internasional," pungkas Mahfud MD.
Mahfud lantas menyinggung Penentuan Pendapat Rakyat (Papera) 1969 yang sudah final. Saat itu dalam sidang PBB, sebanyak 87 negara menyetujui bila Papua masuk Indonesia.