Pengibaran Bendera Bintang Kejora juga pernah terjadi di masa pemerintahan Presiden ke-4 RI KH Abdurrahman Wahid alias Gus Dur.
Dikutip dari situs web resmi NU, menurut Muhammad AS Hikam dalam bukunya, Gus Durku, Gus Dur Anda, Gus Dur Kita (2013), saat itu Gus Dur mendapat laporan dari Menko Polkam Wiranto.
"Bapak Presiden, kami laporkan di Papua ada pengibaran bendera Bintang Kejora," kata Wiranto.
Gus Dur lantas bertanya, "Apa masih ada bendera Merah Putih-nya?"
"Ada hanya satu, tinggi."
Baca Juga: Soal Permasalahan Papua, Maruf Amin Minta Mencontoh Langkah Gus Dur
"Ya sudah, anggap saja Bintang Kejora itu umbul-umbul."
"Tapi Bapak Presiden, ini sangat berbahaya."
Tanpa panjang lebar, Gus Dur dengan santai menjawab, "Pikiran Bapak yang harus berubah, apa susahnya menganggap Bintang Kejora sebagai umbul-umbul! Sepak bola saja banyak benderanya!"
Pada 2007, setelah tak lagi menjabat presiden, Gus Dur mengungkapkan alasannya tak melarang Bendera Bintang Kejora dikibarkan.
"Bintang kejora bendera kultural. Kalau kita anggap sebagai bendera politik, salah kita sendiri," katanya pada awak media.
Baca Juga: Komisioner Komnas HAM Sebut Keluarga Gus Dur Bisa Bantu Damaikan Papua
Ia justru menyalahkan pola pikir TNI dan Polri karena melarang pengibaran bendera Bintang Kejora.