Habil Marati memulai karier politiknya dari PPP. Ia terpilih menjadi Sekretaris DPW PPP Sumatera Utara 1985-1990.
Kariernya lantas menanjak naik menjadi Ketua DPW PPP Sumatera Utara periode 1995-2004 hingga menjadi Ketua DPP PPP periode 2003-2007.
Karier politik yang moncer membuat Habil Marati percaya diri maju ke Senayan. Pada 1997-1999, Habil Marati menjadi anggota MPR, ia juga sempat menjadi anggota Komisi XI DPR dari fraksi PPP.
Tak hanya itu, Habil Marati juga aktif di beberapa organisasi. Ia pernah menjadi Ketua DPW Parmusi Sumatera Utara dan penasihat PSSI Sumatera Utara periode 2002-2005.
Baca Juga: Kisah Gus Dur soal Kivlan Zen dan Mayjen Kunyuk
Habil Marati juga pernah menjabat sebagai manajer Timnas Indonesia hingga dipecat oleh PSSI pada 4 Desember 2012.
Tak lama setelah dipecat PSSI, tepatnya 6 Februari 2013, Habil Marati membeli saham Persibo Bojonegoro senilai Rp 10 miliar.
Seusai hengkang dari PSSI, nama Habil Marati kian meredup. Ia sempat menjadi caleg PPP dari Sulawesi Tenggara pada 2019 namun langkahnya gagal.
Saat ini, Habil Marati tak memiliki jabatan apa pun di struktur partai. Habil Marati terancam dipecat oleh PPP kalau terbukti dalam kasus pendanaan rencana pembunuhan tokoh nasional.
Baca Juga: Chairawan: Nama Saya Disebut di Medsos Terlibat Kerusuhan 22 Mei